Za izvođenje kolonoskopije je potrebno da se debelo crevo potpuno oslobodi sadržaja, što se postiže dijetom i lekovima za pražnjenje. Postoje mala odstupanja kod pripreme pojedinih pacijenata za kolonoskopiju, kao što su dijabetičari, kardiovaskularni pacijenti, osobe na antikoagulantnoj terapiji i dr. Zbog toga je pre izvođenja kolonoskopije potreban pregled gastroenterologa, koji će na osnovu kliničkog nalaza i zdravstvenog stanja pacijenta odabrati najoptimalniju pripremu za kolonoskopiju.